แมลงวันบ้าน แมลงวันหัวเขียวและแมลงวันหลังลาย จัดเป็นแมลงพาหะของโรค สามารถนำโรคติดต่อมาสู่มนุษย์ได้ โดยเฉพาะโรคติดต่อทางเดินอาหาร เช่น บิด ไทฟอยด์ อาหารเป็นพิษ อหิวาตกโรคและโรคหนอนพยาธิบางชนิด นอกจากนั้นยังสามารถนำโรคเรื้อน โปลิโอ โรคผิวหนังบางชนิด เช่น คุดทะราด และโรคติดต่อทางตา เช่น โรคตาแดง

• ก่อให้เกิดความรำคาญ ในพื้นที่มีแมลงวันซุกชุม จะพบว่าแมลงวันเป็นสาเหตุหรือเป็นตัวที่ทำให้เกิดความรำคาญมากที่สุดทั้งในร้านค้า ร้านอาหาร ตลอดจนบริเวณที่พักผ่อนหย่อนใจมันจะเป็นตัวก่อให้เกิดปัญหาโดยเฉพาะระหว่างการรับประทานอาหาร แมลงวันที่พบตามฟาร์มปศุสัตว์ก่อให้เกิดปัญหาด้านปศุสัตว์อย่างมหาศาลได้

• เป็นตัวพา (carrier) ไข่พยาธิต่างๆ โดยการที่แมลงวันไปหากินบนอาหารที่มีไข่พยาธิอยู่ ไข่พยาธิจะติดไปกับตัวแมลงตามส่วนของลำตัวและในลำไส้ ซึ่งอาจถูกแมลงเขี่ยหลุดลงไปปนกับอาหารที่คนกินได้

• เป็นตัวนำเชื้อโรคบางชนิดในสัตว์เลี้ยง เช่น เป็นตัวนำ Trypanasoma spp. ซึ่งทำให้เกิดโรคในม้าและลา

แมลงวันมีความสำคัญในการนำโรคติดต่อมาสู่มนุษย์ได้หลายชนิด แต่ชนิดที่ใกล้ชิดกับคนมากมี 3 ชนิด คือ แมลงวันบ้าน แมลงวันหัวเขียว และแมลงวันลาย เนื่องจากแมลงวันมีนิสัยชอบเกาะกินอาหารและขยายพันธุ์ตามมูลสัตว์ เช่น กองขยะมูลฝอย เศษอาหารเน่าเหม็น